Guía completa sobre la tributación para médicos autónomos en España

Artículo redacto por Defez Asesores y publicado 13/01/2025.

¿Eres médico y estás pensando en ejercer por tu cuenta? La tributación de los médicos autónomos tiene particularidades clave que debes conocer para evitar sorpresas y llevar tus cuentas al día sin complicaciones.

Desde los trámites de alta en Hacienda hasta las obligaciones fiscales que debes cumplir periódicamente, pasando por las deducciones a las que puedes acceder, en este artículo te explicamos todo lo que necesitas saber para optimizar tus impuestos y dedicarte a tu profesión con tranquilidad.

¡Sigue leyendo y asegúrate de tener tu tributación bajo control desde el primer día!

Alta en Hacienda: modelos 036 y 037

Para iniciar una actividad profesional como médico autónomo en España, el paso inicial e imprescindible es darse de alta en el Censo de Empresarios, Profesionales y Retenedores de la Agencia Tributaria, un trámite que, en el caso de los autónomos, debe formalizarse con la presentación del modelo 036. Este formulario, conocido como la declaración censal completa, es obligatorio para todos los autónomos y ofrece un registro exhaustivo que permite la inscripción formal en Hacienda, en concreto en el alta deberemos de marcar la casilla 111.

El modelo 036 es esencial para los autónomos, ya que no solo incluye los datos personales y fiscales del solicitante, sino también información detallada sobre la actividad profesional (por ejemplo, el lugar de la consulta y los impuestos aplicables) y las obligaciones fiscales derivadas, su uso es recomendado para profesionales que planean realizar operaciones intracomunitarias o que se acogerán a regímenes especiales de IVA, dado su nivel de detalle y alcance.

También es posible el ALTA mediante una versión simplificada, el modelo 037, que ésta destinado exclusivamente a personas físicas que cumplan ciertos requisitos, como no realizar operaciones intracomunitarias ni adherirse a regímenes especiales de IVA.

No obstante, para quienes inician una actividad profesional como autónomos, recomendamos más el uso del modelo 036.  

Además, en esta declaración censal el autónomo debe seleccionar un epígrafe del Impuesto sobre Actividades Económicas (IAE), impuesto del que se estará exento, siendo persona física, y si se trata de una sociedad la que realiza la actividad, estará exenta siempre que no supere el umbral de un millón de euros.

Este paso es fundamental, ya que permite definir la naturaleza de la actividad y establecer la relación tributaria entre el médico autónomo y la Agencia Tributaria.

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Obligaciones fiscales: IRPF e IVA

 Ejercer la profesión médica de forma autónoma no sólo implica dedicarte a cuidar de tus pacientes, sino también gestionar una serie de obligaciones fiscales que es esencial conocer a fondo. Entender estos aspectos te permitirá cumplir con la normativa y optimizar tu carga tributaria para centrarte en lo que mejor sabes hacer.

A continuación, se detallan los aspectos clave que todo médico autónomo debe tener en cuenta en materia de tributación.

Tributación IRPF médicos autónomos

El Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas (IRPF) es un tributo directo que los médicos autónomos deben pagar sobre los rendimientos generados en su actividad profesional. Al ejercer como autónomos, estos profesionales generalmente están sujetos al régimen de estimación directa, que implica declarar todos los ingresos y deducir los gastos derivados de la actividad.

Dentro del régimen de estimación directa, nos encontramos con la opción de estimación directa simplificada, que podemos escoger siempre que nuestros ingresos anuales no superen los 600.000 euros. Si no optamos por ella, el sistema nos considerará en estimación directa normal. 

La diferencia, no es trivial, ya que la estimación simplificada nos permite deducir un 5% de gastos de difícil justificación  sobre la cifra de ingresos, siempre que el rendimiento neto previo no sea negativo, por otro lado podemos cumplir con las exigencias fiscales, con un LIBRO REGISTRO DE INGRESOS Y GASTOS, mientras que si nos encontramos en estimación directa normal, deberíamos llevar libros de contabilidad conforme al Código de Comercio, lo que aumenta la complejidad de nuestra gestión, por ello es importante marcar las casillas adecuadas:

Además, es obligatorio realizar pagos fraccionados trimestrales mediante el modelo 130.

Esta obligación surge al marcar la casilla correspondiente:

Gastos Deducibles en el IRPF para Médicos Autónomos

La normativa de IRPF permite deducir una variedad de gastos específicos relacionados directamente con el ejercicio de la medicina. Esto no sólo contribuye a reducir la carga tributaria, sino que también permite optimizar la declaración de ingresos. Los principales gastos deducibles incluyen:

• Gastos de colegiación: Son deducibles las cuotas pagadas a colegios profesionales que sean obligatorios para el ejercicio de la medicina.
• Formación profesional: Los gastos en cursos, seminarios, asistencias a congresos  y especializaciones médicas son deducibles siempre que se demuestre su relación directa con la actividad.
• Gastos en Libros y revistas especializadas relacionadas con la medicina.
• Material sanitario y equipo: La compra de instrumental médico, material de consulta y equipamiento sanitario puede deducirse.
• Seguros profesionales: Los seguros de responsabilidad civil y los seguros de salud específicos para el ejercicio de la profesión también son deducibles.
• Gastos de local y consulta: Alquileres, suministros (agua, electricidad, internet) y gastos de mantenimiento de la consulta médica son deducibles. Si la consulta médica está incluida dentro de su propio inmueble todos esos gastos se prorratearán en función del grado de afectación que tenga el propio inmueble a la actividad.
• Vehículo profesional: Es importante tener en cuenta que los gastos del vehículo (como mantenimiento, combustible, etc.) solo podrán deducirse en el IRPF si el vehículo está afectado al 100% a la actividad profesional. Lograr esta calificación es complicado, en términos jurídicos diríamos que Hacienda exige una prueba de carácter diabólico, ya que requiere demostrar que el vehículo no está disponible para el autónomo en ningún momento fuera del horario laboral, incluyendo fines de semana, y no nos va a servir tener otro vehículo a nuestra disposición, pero puede ayudar en el conjunto probatorio.

 Obviamente si que nos pueden ayudar llevar libros registros de visitas médicas o desplazamientos a visitar pacientes, así como controles de kilometrajes realizados en uso de la actividad, en principio cualquier prueba externa (es decir que no sea generada por nosotros), la vera con mejores ojos la Administración Tributaria.

Es esencial conservar todas las facturas y justificantes de estos gastos, ya que la Agencia Tributaria puede solicitar pruebas en cualquier momento para verificar las deducciones aplicadas.

Es importante que siempre que podamos pidamos factura completa, por ejemplo, en el caso de reuniones o comidas de trabajo en restaurantes, etc, dónde la Administración suele comprobar también en las fechas en las que se produce, ya que si es el domingo, puede pensar que en realidad es una comida con familiares, y tener en cuenta que la AEAT por la propia LGT, art. 105 (carga de la prueba) -106 (medios de valoración de la prueba)  puede exigir la identificación de los destinatarios de esos servicios.

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Impuesto sobre el valor añadido (IVA)

 Ahora que conoces las claves del IRPF para médicos autónomos, es momento de entender otro aspecto crucial de la fiscalidad: el IVA. Aunque muchas actividades médicas están exentas de este impuesto, hay excepciones que pueden afectar directamente tu facturación. ¿Sabías que algunas consultas y servicios, como ciertas cirugías estéticas o actividades adicionales, requieren la aplicación de IVA? .

Esta cuestión no es sencilla y requiere un profundo conocimiento jurídico y en muchos casos consultas vinculantes de la DGT sobre actividades médicas de carácter estético o actividades de medicina clínica. Se puede incluso realizar actividades médicas sujetas a IVA o exentas, entrando en juego la regla de prorrata a efectos de la deducción del IVA, como veremos después.

Recientemente, según noticias en televisión, la clínica capilar de Cristiano Ronaldo, le han metido un palo fiscal, dado que al parecer había una discrepancia entre la AEAT y la clínica sobre la calificación de los servicios médicos para el supuesto de implantes capilares, porque en muchos casos rozaremos el uso estético de la medicina.

Exención de IVA en actividades médicas

En general, las actividades médicas realizadas por profesionales sanitarios autónomos están exentas de IVA según el artículo 20 de la Ley 37/1992 de IVA, debido a su carácter de interés general. Esto significa que los médicos autónomos no deben repercutir IVA en sus facturas ni presentar declaraciones trimestrales de este impuesto en tanto sus servicios se relacionen directamente con la asistencia sanitaria que incluya diagnóstico, prevención o tratamiento de enfermedades.

En concreto, la exención incluye:

• Servicios de asistencia médica, quirúrgica y sanitaria realizados por profesionales médicos y sanitarios (colegiados) para el diagnóstico, prevención o tratamiento de enfermedades.
• Servicios de hospitalización o asistencia sanitaria prestados por entidades de derecho público o privadas en régimen de precios autorizados.

La exención se aplica indistintamente de quién abone el servicio, ya sea el paciente o una sociedad médica, y cubre actos sanitarios realizados incluso cuando el profesional trabaje bajo una sociedad mercantil.

Actividades no exentas de IVA

Algunas actividades, aunque relacionadas con la salud, no están exentas de IVA, especialmente cuando el servicio no está orientado directamente a la asistencia sanitaria en términos de diagnóstico, prevención o tratamiento. Entre los servicios que deben facturarse con IVA al 21 % se encuentran:

• Servicios de peritaje médico, estudios o asesorías técnicas que no impliquen asistencia sanitaria.
• Medicina estética o cirugía estética que no sea de tipo reparador.
• Charlas y conferencias médicas o académicas no vinculadas a servicios asistenciales.

Deducción del IVA soportado

Si el médico realiza tanto actividades exentas como no exentas de IVA, se aplica la prorrata del IVA deducible en función del porcentaje de ingresos sujetos a IVA. En este caso, solo se podrá deducir el porcentaje del IVA soportado en gastos relacionados con servicios gravados.

Este tema se puede aun complicar más, si consideramos que hay posibilidad de aplicar la prorrata general o la prorrata especial, siendo esta última aquella que a opción del contribuyente se puede solicitar para aplicar específicamente el porcentaje de deducción a cada tipo de actividad, de tal forma que los gastos relacionados directamente con la actividad estética puedan ser deducidos al 100% y aplicar el 0% a los relativos a actividades exentas y solo aplicar la prorrata en si a aquellos gastos que puedan ser comunes a ambas actividades.

Bienes y equipos con IVA reducido o exento

Existen bienes y productos sanitarios, especialmente diseñados para la atención de personas con discapacidades o enfermedades crónicas, que se benefician de un IVA reducido del 10 % o incluso del 4 %, como prótesis, equipos de tratamiento de diálisis, sillas de ruedas y dispositivos de autocontrol de enfermedades.

Al seguir estos lineamientos, el médico autónomo puede asegurar una correcta gestión fiscal de sus actividades, evitando sanciones y optimizando su tributación de acuerdo con los beneficios y exenciones que la ley ofrece.

Facturación para médicos autónomos

A pesar de que las actividades médicas están exentas de IVA, los médicos autónomos tienen la obligación de emitir facturas por cada uno de los servicios que presten. La factura no solo actúa como comprobante del servicio, sino que también sirve para cumplir con los requisitos fiscales establecidos.

Modelo de factura para médicos autónomos

Una factura válida debe incluir los siguientes elementos clave:

• Datos del emisor: nombre completo, NIF y domicilio fiscal del médico.
• Datos del receptor: nombre, NIF y domicilio del paciente o entidad a la que se factura.
• Descripción detallada del servicio: especificar claramente el servicio prestado (por ejemplo, consulta, análisis, diagnóstico, etc.). No sirve una expresión genérica como servicios prestados, pero tampoco hace falta una especificación amplia del servicio realizado que pudiera afectar al derecho a la intimidad por ejemplo. Si hubiera que acreditar el tipo de servicio realizado ya se podrá acudir a los ficheros dónde conste el expediente del paciente.
• Fecha de emisión y número de factura correlativo: las facturas deben seguir una numeración correlativa sin omisiones. Si nos equivocamos y tenemos saltos, la AEAT puede interpretar que son facturas que han sido borradas y aplicar sanciones.
• Importe total: el monto total a pagar.

Emitir facturas de acuerdo con estos requisitos garantiza que los médicos autónomos cumplan con sus obligaciones fiscales y facilita el control de sus ingresos y deducciones en futuras declaraciones.

Deducción por inicio de actividad en el IRPF

Todos los empresarios y profesionales que realizan por primera vez una actividad tienen derecho a una reducción del 20% de los rendimientos netos de la actividad durante los dos primeros ejercicios económicos en los que obtengan beneficios. 

Es importante recordar que NO es un inicio de actividad cuando simplemente estoy trabajando por cuenta ajena y paso a trabajar por cuenta propia como autónomo, ni tampoco lo es, el pasar de persona física autónomo a ejercer la actividad bajo forma societaria.

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Retenciones de IRPF en facturas a empresas o profesionales

Al facturar a empresas o a otros profesionales, hay que incluir una retención del 15% de IRPF sobre el importe total de la factura. Este importe retenido será ingresado en Hacienda por la empresa o profesional receptor en nombre del médico autónomo. Luego, esta retención se aplicará como un pago anticipado en la declaración anual del IRPF, reduciendo la base imponible y el monto final a ingresar en la declaración.

Si te acabas de dar de alta como autónomo puedes aplicar una retención del 7% durante el ejercicio que te das de alta y los dos siguientes, pero si tus ingresos son muy elevados no te conviene aplicar una retención inferior al 15%, porque luego vas a tener que pagar un mayor importe en la liquidación de la Renta y a veces bo se ha previsto y puedes tener dificultades con el pago, aunque siempre puedes acudir a aplicar el pago fraccionado del 60-40% sin intereses de demora.

Alternativas al régimen de autónomos

Para iniciar la actividad profesional por cuenta propia, es imprescindible seleccionar un régimen de previsión social específico. Los profesionales que requieren pertenecer a un Colegio Profesional, como los médicos, deben de estar de alta en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA), o en Mutual Médica a través de su producto Médico de Ejercicio Libre (MEL).

Es fundamental tomar esta decisión en un plazo máximo de un mes desde el inicio de la actividad. En caso de no hacerlo, la Ley establece que, de manera automática, el médico quedará inscrito en el RETA desde el momento en que comenzó a ejercer.

Obligación de darse de alta como autónomo

La obligación de darse de alta como autónomo aplica a todas aquellas personas que realicen una actividad por cuenta propia de forma habitual, ya sea en el RETA (Régimen Especial de Trabajadores Autónomos) o en Mutual Médica. La normativa exige que, si una actividad se lleva a cabo de manera habitual, personal, directa y con fines lucrativos, se debe formalizar el alta en alguno de estos regímenes. Además, se ha establecido una cuota incluso para aquellos autónomos cuyos ingresos sean inferiores a 670 € al mes.

Según el artículo 1.1 de la Ley 20/2007 del Estatuto del Trabajo Autónomo, esta se aplica a quienes realicen de forma habitual una actividad económica o profesional por cuenta propia, fuera de la dirección de otra persona. Sin embargo, determinar qué se entiende por habitualidad sigue siendo un tema polémico. La Ley 6/2017, en su «Disposición adicional cuarta», mencionaba que se realizaría un estudio sobre el concepto de habitualidad para aclarar cómo afecta a la inclusión en el RETA, pero todavía no se ha definido claramente.

Uno de los puntos clave para evaluar la habitualidad ha sido el Salario Mínimo Interprofesional (SMI). A pesar de que no superar el SMI puede ser un indicio de que no se cumple este criterio, las sentencias del Tribunal Supremo (29 de octubre de 1997 y 20 de marzo de 2007) lo consideran sólo un indicio, no una regla definitiva. La Seguridad Social y la Inspección de Trabajo son las que, finalmente, evalúan si existe habitualidad en cada caso concreto

RETA

El RETA es el régimen al que se adhieren la mayoría de los trabajadores autónomos en España, incluidos los médicos. Al ser un sistema estatal, está sujeto a cambios y actualizaciones gubernamentales, y ofrece una cobertura social sólida y completa dentro del marco de la Seguridad Social. Esto incluye la asistencia sanitaria pública, pensiones de jubilación, incapacidad temporal o permanente y prestaciones de viudedad u orfandad.

Con la nueva normativa de cotización del RETA, que incluye tramos para trabajadores con ingresos inferiores a 670 €, resulta aún más difícil basar la evaluación de la habitualidad únicamente en los ingresos. Por tanto, es imprescindible analizar las circunstancias concretas de cada persona para determinar si existe esta habitualidad y si es necesario darse de alta como autónomos. Este análisis es necesario porque, aunque el SMI es relevante, no basta por sí solo para definir la habitualidad. Otras circunstancias deben tenerse en cuenta, por ejemplo, si disponemos de una consulta médica independiente de nuestro domicilio particular, abierta al público, se va a considerar que se ejerce la actividad de modo habitual, el SMI no va a ser definitorio en este caso. 

La tarifa plana, que en 2024 es de 80 euros mensuales durante el primer año (y puede ampliarse al segundo si se gana menos del SMI), facilita el inicio de la actividad como autónomo al reducir los costes iniciales. En realidad, el coste efectivo es de 86.66 euros, porque hay que incluir el coste del MEI.  Esto implica una base de cotización de 950,98 euros al mes, que es la mínima del tramo 1. Recordemos que la base de cotización determina el importe de las prestaciones a recibir por el autónomo, así como la prestación por cese de actividad (el paro de los autónomos).

Libertad para darse de alta y baja en el RETA

A lo largo de 2024, los autónomos tienen la libertad de darse de alta y baja en el RETA tantas veces como lo necesiten, pero esta afirmación debe de interpretarse correctamente.

Actualmente solo se cotiza por los días de trabajo efectivo, pero esto solamente va a ser real en las tres primeras veces que lo hagas en el año.  Es decir, los autónomos pueden seleccionar la fecha exacta en la que desean darse de alta o baja hasta en tres ocasiones durante el año. Si se realiza dentro del plazo, la cuota a pagar será proporcional a los días que han estado de alta en ese mes. Esto significa que solo pagarán por los días trabajados, lo que puede representar un ahorro significativo para quienes no mantienen una actividad constante.

Sin embargo, en las veces siguientes (a partir de la cuarta vez inclusive) la fecha será determinada por la Tesorería General de la Seguridad Social. En este caso, se cobrará la cuota completa del mes, independientemente de si el autónomo solo trabajó una parte del mismo. Esto supone un mayor coste en estas últimas altas.

La adscripción al RETA para un médico autónomo puede resultar menos flexible en comparación con el MEL, especialmente en el ejercicio de la medicina privada, ya que una vez seleccionado, no permite cambiar al MEL.

Características Principales del RETA

• Decisión definitiva: La elección del RETA es irreversible y no permite pasarse al MEL en un futuro.
• Cobertura integral de Seguridad Social: Incluye beneficios como el acceso a la asistencia sanitaria pública y pensiones por incapacidad y jubilación.
• Incompatibilidad con la actividad profesional tras la jubilación: Una vez el médico comience a percibir la pensión de jubilación, el RETA restringe la posibilidad de continuar ejerciendo.
• Sistema de reparto para la pensión de jubilación: La cuantía se calcula en base a los años de cotización y a tramos de ingresos, con un límite máximo.

MEL

El MEL es un régimen privado y alternativo, creado y gestionado por Mutual Médica, específicamente para médicos autónomos que ejercen en el ámbito privado. Este régimen está diseñado para proporcionar una mayor adaptabilidad y permite a los médicos ajustar sus cotizaciones y aportaciones de manera más personalizada, lo cual resulta especialmente útil para quienes deseen gestionar su jubilación de manera autónoma o continuar trabajando después de la edad de jubilación.

Características Principales del MEL

• Flexibilidad de cambio: A diferencia del RETA, los médicos que optan por el MEL pueden decidir cambiarse al RETA si lo desean.
• Coberturas adicionales: Proporciona seguros específicos, como el de responsabilidad civil y prestaciones diferenciadas de las de la Seguridad Social.
• Compatibilidad con la actividad profesional tras la jubilación: Los médicos que deseen continuar su actividad privada pueden hacerlo mientras perciben su pensión de jubilación.
• Cuotas mínimas más accesibles: Las aportaciones mínimas al MEL suelen ser inferiores a las del RETA.
• Sistema de capitalización: Cada médico autónomo en el MEL gestiona sus aportaciones de manera independiente, lo que permite personalizar la pensión en función de sus aportaciones.

Contextos ideales para cada régimen

La elección entre el RETA y el MEL depende de las circunstancias personales y profesionales de cada médico. A continuación, se detallan las situaciones en las que uno u otro régimen podría resultar más adecuado.

Situaciones adecuadas para el MEL

1. Médicos que desean continuar su actividad tras la jubilación: El MEL permite ejercer en consulta privada después de la jubilación.
2. Profesionales con actividad mixta: Para aquellos médicos que trabajan tanto en el sector privado como público, el MEL permite generar una prestación adicional sin interferir con las cotizaciones ya efectuadas a la Seguridad Social.
3. Inicio de la actividad médica privada: En los primeros años, cuando los ingresos pueden ser menos estables, el MEL facilita cuotas reducidas y bonificaciones para médicos que inician su consulta privada.

Situaciones Adecuadas para el RETA

1. Médicos exclusivamente en el ámbito privado: La Seguridad Social ofrece una cobertura estable de la pensión, lo que puede ser ideal para quienes deseen simplificar la planificación de su jubilación.
2. Ingresos anuales elevados: Aquellos que valoran los beneficios adicionales de la Seguridad Social, como la asistencia sanitaria pública o prestaciones por incapacidad, pueden considerar el RETA como una opción más completa.

En conclusión, la elección entre el RETA y el MEL es una decisión estratégica que cada médico autónomo debe tomar según sus necesidades, ingresos y planes de futuro. Evaluar las ventajas y limitaciones de cada régimen, en función del tipo de ejercicio profesional que se quiera desarrollar, permitirá aprovechar las coberturas de seguridad social o mutualidad en función de los objetivos de cada etapa de la vida laboral y post-laboral del médico.

 Importancia del Asesoramiento Fiscal

La elección de régimen de cotización y la gestión fiscal son decisiones clave para los médicos autónomos que buscan optimizar su actividad profesional en el ámbito privado. La complejidad del sistema tributario español y las particularidades inherentes a la profesión médica hacen especialmente recomendable el contar con un asesor fiscal especializado. Un asesor no solo ayuda a maximizar los beneficios fiscales y aprovechar deducciones aplicables, sino que también orienta en temas de previsión social, garantizando que cada médico autónomo pueda tomar decisiones informadas sobre su régimen de cotización.

Tener el respaldo de un experto asegura que la gestión fiscal esté alineada con las normativas vigentes, evitando posibles sanciones y optimizando el rendimiento económico y la tranquilidad del profesional en cada etapa de su vida laboral y de jubilación. En definitiva, el asesoramiento fiscal especializado se convierte en una herramienta estratégica para ejercer la medicina privada con éxito y sostenibilidad financiera.

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